Netopiere majú vysokú rýchlosť metabolizmu a na poháňanie ich letu vyžadujú veľa kyslíka. Dýchajú rýchlejšie ako iné cicavce a ich pľúca sú väčšie v pomere k veľkosti ich tela. Netopiere majú tiež špeciálnu adaptáciu nazývanú „nosný ventil“, čo im pomáha regulovať prietok vzduchu počas letu.
Keď netopier vdýchne, vzduch vstupuje cez nosné dierky a prechádza cez nosný ventil. Nosný ventil pomáha regulovať množstvo vzduchu, ktorý vstupuje do pľúc, a tiež zabraňuje prúdeniu vzduchu počas letu z nosa.
Vzduch potom cestuje po priedušnici a do pľúc. Pľúca sú lemované alveoli, ktoré sú malými vzduchovými vacami, kde sa koná výmena plynu. Kyslík zo vzduchu difúzuje do krvného obehu a oxid uhličitý difunduje z krvného riečišťa do vzduchu.
Vzduch potom opúšťa pľúca a prechádza priedušnicou a z nosných dierok.
Netopiere sú schopné dýchať pri lietaní vďaka svojim silným pľúcam a efektívnemu respiračným systémom. Sú schopní udržiavať vysokú rýchlosť spotreby kyslíka aj počas dlhých a namáhavých letov.