- sladká voda: Jazerá, rieky, potoky a rybníky.
- brakická voda: Ústí riek, kde sa zmesia slaná voda a sladká voda.
- slaná voda: Oceány, moria a koralové útesy.
Kostné ryby sa prispôsobili na bývanie v širokej škále prostredí environmentálnych podmienok, vrátane rôznych teplôt vody, hladín pH a hladín slanosti. Nachádzajú sa v plytkých aj hlbokých vodách a niektoré druhy dokonca žijú v jaskyniach alebo podzemných riekach.