Tu sú hlavné vrstvy hlbokého jazera:
1. Epilion:Toto je horná a najteplejšia vrstva jazera. Je dobre osvetlený a obsahuje veľké množstvo kyslíka. Tu sa vyskytuje väčšina fotosyntetickej aktivity a prosperujú planktón a ďalšie organizmy.
2. MetalImnion:Toto je vrstva rýchlo klesajúcej teploty, ktorá oddeľuje epilinion od hypoliniónu. Je tiež známy ako termokline. Táto vrstva môže byť hrubá niekoľko metrov a pôsobí ako bariéra medzi hornými a dolnými vrstvami jazera, čo inhibuje miešanie.
3. Hypolimion:Toto je hlboká, studená, spodná vrstva jazera. Je slabo osvetlený a obsahuje veľmi málo kyslíka. Voda v hypolinione je hustejšia a ľahko sa nezmieša s hornými vrstvami. Táto vrstva môže byť stovky metrov hlboko vo veľkých jazerách.
4. Profundálna zóna:Najhlbšia časť jazera sa nazýva profundálna zóna. Vyznačuje sa chladnými teplotami, nízkymi hladinami kyslíka a obmedzenou viditeľnosťou. Organizmy, ktoré žijú v tejto zóne, sú prispôsobené týmto tvrdým podmienkam.
Takže zatiaľ čo hlboké jazerá nemajú presne rovnaké zóny ako morský bióm, vykazujú zreteľné vrstvenie a variácie teploty, penetrácie svetla a hladiny kyslíka, čo vedie k rôznym ekologickým výklenkom a spoločenstvám organizmov.