Vtáky sú v triede Aves , charakterizované perím, zobákom a krídlami, zatiaľ čo netopiere patria do radu Chiroptera, v rámci triedy Mammalia . Netopiere sú jediné cicavce s motorovým letom.
Netopiere a vtáky majú spoločného predka , nazývaný Synapsid, ktorý existoval približne pred 300 miliónmi rokov. Od tohto spoločného predka sa rozchádzali dve vetvy:synapsidy, z ktorých sa vyvinuli cicavce, a sauropsidy, z ktorých vznikli plazy a vtáky.
Hoci mohli mať spoločného predka, netopiere a vtáky vyvinuli značné rozdiely v ich anatómii, fyziológii a správaní počas miliónov rokov.