Strata a fragmentácia biotopov :Prirodzený biotop korytnačiek je čoraz viac ničený alebo fragmentovaný ľudskou činnosťou, ako je poľnohospodárstvo, urbanizácia a baníctvo. To znižuje dostupnosť potravy a hniezdnych miest a zvyšuje ich zraniteľnosť voči predátorom a chorobám.
Zmena klímy :V regióne, kde žije korytnačka afganská, sa klíma rýchlo otepľuje. To spôsobuje zmeny v biotopoch korytnačiek, čo sťažuje ich prežitie a reprodukciu.
Choroba :Korytnačky sú tiež náchylné na rôzne choroby, vrátane infekcií dýchacích ciest, hniloby panciera a očných infekcií. Tieto choroby sa môžu šíriť kontaktom s inými infikovanými zvieratami alebo prostredníctvom kontaminovaných potravín alebo vody.
Kolekcia :Korytnačky sa zbierajú na obchod, jedlo, domáce zvieratá a iné účely, čo viedlo k zníženiu ich populácie.