Strata biotopu je ďalšou veľkou hrozbou pre lamantíny. Lamantíny sa na prežitie spoliehajú na plytké, teplé vody a ich biotop ničí ľudská činnosť, ako je rozvoj pobrežia, znečistenie a zmena klímy. Keď ich biotop zmizne, lamantíny majú menej miest na život a kŕmenie, čo môže viesť k poklesu populácie a prípadnému vyhynutiu.
Poľovníctvo a pytliactvo sú tiež významnou hrozbou pre lamantíny. Lamantíny sú lovené pre mäso, kožu a olej a často sú zabíjané ako vedľajší úlovok v rybárskom výstroji. V niektorých oblastiach sú lamantíny tiež úmyselne zabíjané ľuďmi, ktorí ich považujú za škodcov. Lov a pytliactvo môžu znížiť populáciu lamantínov a prispieť k vyhynutiu tohto druhu.
Zmena klímy je rastúcou hrozbou pre lamantíny. So zmenou klímy na Zemi stúpa hladina morí a teplota vody. To môže narušiť spôsob kŕmenia a rozmnožovania lamantínov a urobiť ich zraniteľnejšími voči chorobám. Klimatické zmeny môžu viesť aj k zmenám v pobrežných biotopoch, ktoré môžu ďalej ohrozovať populácie lamantínov.
Riešením týchto hrozieb môžeme pomôcť chrániť lamantíny a zabrániť ich vyhynutiu.