1. Strata biotopov: Prirodzený biotop tučniaka Humboldtovho je ohrozený ľudskými aktivitami, ako je mestská expanzia, rozvoj pobrežia a cestovný ruch. Premena pobrežných oblastí na ľudské sídla, priemysel a poľnohospodárstvo znižuje ich hniezdne a kŕmne oblasti, čo vedie k fragmentácii a strate biotopov.
2. Nadmerný rybolov: Humboldt Penguins sa spolieha na ryby ako obživu a nadmerný rybolov komerčným rybolovom predstavuje významnú hrozbu. Vyčerpanie zásob rýb znižuje ich zdroje potravy, čo vedie ku konkurencii s inými morskými predátormi a ovplyvňuje ich reprodukčný úspech a mieru prežitia.
3. Zmena klímy: Biotop tučniaka Humboldtovho je zraniteľný voči vplyvom klimatických zmien vrátane stúpajúcich hladín morí a zmien morských prúdov. Tieto zmeny narúšajú ich ekosystém a ovplyvňujú dostupnosť druhov ich koristi. Navyše extrémne poveternostné javy, ako sú búrky a vlny horúčav, môžu priamo poškodiť jednotlivcov alebo zničiť ich hniezdiská.
4. Predácia: Tučniaky Humboldtove čelia predácii pôvodných aj inváznych druhov. Medzi prirodzených predátorov patria morské levy a kožušinové tulene, zatiaľ čo introdukované predátory, ako sú divoké mačky, psy a potkany, sa môžu predrať na vajciach, kurčatách a dospelých.
5. Choroba a parazity: Tučniak Humboldt môže trpieť rôznymi chorobami, vrátane vtáčej chrípky a parazitmi, ako sú vši a blchy. V preplnených kolóniách sa choroby môžu rýchlo šíriť, čo spôsobuje vysokú úmrtnosť, najmä medzi zraniteľnými kurčatami a mláďatami.
6. Znečistenie: Znečistenie z priemyselného odpadu, ropných škvŕn a plastov predstavuje významné ohrozenie biotopu tučniaka Humboldtovho a zdrojov potravy. Chemikálie a znečisťujúce látky môžu kontaminovať ich životné prostredie a hromadiť sa v ich telách, čo ovplyvňuje ich zdravie a reprodukčné schopnosti.
Prebiehajú snahy o ochranu tučniakov Humboldtových a ich biotopov, vrátane zriadenia chránených morských oblastí, nariadení o rybolovných postupoch, kontroly predátorov, obnovy biotopov a kampaní na zvyšovanie povedomia verejnosti. Na zabezpečenie dlhodobého prežitia týchto ikonických vtákov je kľúčová spolupráca medzi ochranárskymi organizáciami, vládami a miestnymi komunitami.