Poľovníctvo a pytliactvo: Napriek prísnym zákonom proti lovu stále existuje nelegálny lov a pytliactvo, ktoré predstavuje významnú hrozbu pre prežitie tohto druhu. Varany komodské sú cielené pre svoje kože, z ktorých sa vyrábajú luxusné kožené výrobky. Navyše ich údajné liečivé vlastnosti môžu viesť k dopytu na čiernom trhu.
Inbreeding :Malé a izolované populácie varanov komodských môžu viesť k príbuzenskému kríženiu, čo vedie k zníženiu genetickej diverzity a zvýšenej náchylnosti na choroby a zmeny prostredia.
Zmena klímy :Stúpajúca hladina morí v dôsledku zmeny klímy predstavuje hrozbu pre nízko položené hniezdne pláže používané varanmi komodskými, čo má vplyv na ich reprodukciu a prežitie. Meniace sa podmienky prostredia môžu ovplyvniť dostupnosť ich zdrojov potravy a ešte viac stresovať druhy.
Úsilie o ochranu varanov komodských zahŕňa ochranu biotopov a opatrenia proti pytliactvu implementované indonézskou vládou spolu s medzinárodnými ochranárskymi organizáciami. Pokračujúce snahy o ochranu, výskum a povedomie verejnosti sú však kľúčové na zabezpečenie dlhodobého prežitia tohto pozoruhodného a ikonického druhu.