1. Strata biotopov: Jašterica tongská obýva predovšetkým pôvodné lesné ekosystémy v rámci 'Eua a Tongatapu. Bohužiaľ, tieto lesné biotopy boli značne vyčistené pre poľnohospodárstvo, ťažbu dreva a ľudské sídla. Strata vhodných biotopov výrazne znížila rozsah a veľkosť populácie jašterice.
2. Predácia invazívnymi druhmi: Na ostrovy Tonga boli zavlečené invázne druhy, ako sú divé mačky, potkany a mangusty, ktoré predstavujú vážnu hrozbu pre tongského jaštera. Tieto invazívne predátory majú vysokú reprodukčnú rýchlosť a sú vysoko účinné pri love a konzumácii jašterice, čo vedie k poklesu populácie.
3. Zmena klímy: Tonga, podobne ako ostatné tichomorské ostrovy, je veľmi citlivá na zmenu klímy a zvyšovanie hladiny morí. Zmeny teplôt a zrážok ovplyvňujú biotop a zdroje potravy jašterice. Stúpajúca hladina mora môže zaplaviť aj nízko položené pobrežné biotopy, čím sa ešte viac zníži dostupný rozsah jašterice.
4. Obmedzený rozsah: Jašterica tongská je geograficky obmedzená na dva malé ostrovy v Tonge, čo ju robí zraniteľnou voči genetickým problémom, ako je príbuzenské kríženie a nedostatok genetickej diverzity. Úzka distribúcia tiež zvyšuje náchylnosť na lokalizované hrozby, ako je strata biotopu alebo jedna katastrofická udalosť, ktorá by mohla vyhubiť veľkú časť populácie.
5. Lov a využívanie: Miestni obyvatelia lovili jaštericu tongskú kvôli potrave a tradičnej medicíne, čo prispelo k poklesu populácie. V niektorých prípadoch bola jašterica odchytená aj pre obchod s domácimi zvieratami, čím sa jej počet ešte viac vyčerpal.
Kombinácia straty biotopu, inváznych druhov, klimatických zmien, obmedzeného rozsahu a lovu viedla k vážnemu poklesu populácie jašterice tongskej. Úsilie o ochranu, ako je obnova biotopov, kontrola predátorov, informovanosť verejnosti a programy chovu v zajatí, sú kľúčové pre zachovanie zostávajúcich populácií tohto kriticky ohrozeného druhu.