Nedostatok moderných pozorovaní :Napriek tomu, že boli jedným z najväčších a najvýraznejších morských tvorov, ktoré kedy existovali, neexistovali dôveryhodné moderné pozorovania megalodónov. To naznačuje, že tento druh skutočne vyhynul, pretože jeho veľkosť a hojnosť by pravdepodobne v modernom oceáne sťažilo vynechanie.
paleoceanografické zmeny :Prechod z pliocénu na pleistocénne epochy bol označený významnými zmenami v prostredí vrátane chladenia globálnych teplôt, kolísania hladiny mora a zmien v obehu oceánu. Tieto zmeny mohli ovplyvniť dostupnosť zdrojov potravín alebo ich biotopov, čo v konečnom dôsledku viedlo k vyhynutiu megalodónov.
Konkurencia od ostatných predátorov :Megalodóny boli predátormi vrcholov, ale pravdepodobne čelili konkurencii od iných morských predátorov, ako napríklad Veľký biely žralok (Carcharodon Carcharias) a teraz vyhynuté Livyatan Melvillei, obrovská veľryba spermií. Konkurencia o zdroje a biotopy mohla prispieť k úpadku populácií Megalodonu.