Eriskay Ponies sú relatívne malé plemeno, a preto existuje vysoké riziko inbreedingu. Ak sú príbuzní jednotlivci chované spolu, potomstvo môžu mať zdravotné problémy a oslabené imunitné systémy. Je to preto, že zdedia rovnaké genetické defekty a zraniteľné miesta. Inbreeding tiež znižuje genetickú diverzitu, čo spôsobuje, že populácia je menej odolná voči zmenám a chorobám životného prostredia.
2. Strata genetickej diverzity
Eriskay Ponies boli na ostrovoch izolované po stáročia, čo znamená, že došlo k veľmi malej genetickej výmene s ostatnými populáciami poníkov. Tento nedostatok genetickej diverzity ich spôsobil, že sú zraniteľnými voči určitým genetickým poruchám a chorobám.
3. Obmedzené biotopy
Eriskay Ponies sú pôvodom z diaľkového a drsného prostredia vonkajších Hebridov, ktoré sú skupinou ostrovov pri pobreží Škótska. Ich obmedzené prostredie znamená, že majú obmedzenú zásobu potravín a sú vystavení tvrdým poveternostným podmienkam. To sťažuje úspešné prežitie a reprodukciu.
4. Konkurencia od iných druhov
Eriskay Ponies čelia konkurencii o zdroje od iných druhov vrátane oviec a červených jeleňov. Tieto zvieratá môžu prekonať poníky pre jedlo a vodu, čo môže viesť k podvýžive a chorobám.
5. Poľovníctvo a nadmerné pasenie
V minulosti boli Eriskay Ponies lovené za svoje mäso a kožušiny. Bol to hlavný faktor ich úpadku. Okrem toho k strate biotopov tiež prispelo nadmerné pasenie oviec a iných zvierat.
6. Zmena podnebia
Zmena podnebia je ďalšou hlavnou hrozbou pre Eriskay Ponies. Keď sa klíma zahrieva, ostrovy zažívajú extrémnejšie poveternostné podmienky, ako sú búrky a povodne. Tieto udalosti môžu spôsobiť stratu biotopu a sťažovať poníkom, aby prežili.