Choroba: Fretka čiernonohá je náchylná na viaceré choroby, vrátane silválneho moru, psinky a tularémie. Tieto choroby sa môžu rýchlo šíriť cez kolónie prérijných psov a decimovať populácie fretiek čiernych.
Príbuzenské kríženie: Fretka čiernonohá má malú populáciu, vďaka čomu je náchylnejšia na účinky príbuzenského kríženia. Príbuzenské kríženie môže viesť k strate genetickej diverzity, čo môže spôsobiť, že populácia bude zraniteľnejšia voči chorobám a iným hrozbám.
Predácia: Fretky čiernonohé sú korisťou rôznych predátorov, vrátane kojotov, jastrabov a sov. Keďže populácia fretky čiernonohej klesla, znížil sa aj počet predátorov, ktorí sa na ne spoliehajú pri získavaní potravy. To môže viesť k zvýšeniu populácie predátorov, čo môže ďalej ohrozovať fretky čiernonohé.
Zmena klímy: Predpokladá sa, že zmena klímy bude mať významný vplyv na fretku čiernonohú a jej biotop. Očakáva sa, že s otepľovaním podnebia budú kolónie prérijných psov klesať, čím sa zníži množstvo úkrytov, potravy a miest na rozmnožovanie, ktoré majú fretky čiernonohé k dispozícii.