1. Obmedzený rozsah biotopov :Adaptácia sa často vyvíja v reakcii na podmienky špecifického ekosystému alebo biotopu. To môže viesť k obmedzenej životaschopnosti a prežitiu mimo tohto prostredia. Zvieratá, ktoré sú vysoko špecializované pre konkrétne podmienky, by mohli bojovať, ak sa zmení prostredie alebo ak sú vysídlené.
2. Predácia a obrana: Niektoré úpravy, ako napríklad jasné sfarbenie alebo výnimočné reprodukčné stratégie, môžu zvýšiť zraniteľné zvieratá voči predátorom alebo konkurencii. Napríklad, ak druh používa výrazný znak na prilákanie kamarátov alebo na obranu jeho územia, stáva sa aj viditeľnejším pre potenciálnych predátorov.
3. Konkurencia zdrojov: Zvieratá prispôsobené podobným biotopom a výklenkom môžu čeliť tvrdej konkurencii o zdroje, ako je jedlo, prístrešie a kamaráti. Špecializované úpravy môžu byť prospešné, ale môžu viesť k zvýšenej konkurencii s podobnými druhmi, čo by potenciálne obmedzovalo ich populačný rast alebo vedie ku konfliktom.
4. Strata adaptability: Vysoko špecializované úpravy môžu znížiť kapacitu druhu pre ďalšie vývojové zmeny. Ak sa podmienky životného prostredia drasticky zmenia alebo nové výzvy, zvieratá, ktoré sa stali vysoko špecializovanými, môžu byť náročnejšie prispôsobiť sa a vyvíjať nové vlastnosti, aby sa vyrovnali so zmenenými okolnosťami.
5. Zraniteľnosť voči zmenám životného prostredia :Niektoré úpravy, ako napríklad hibernácia alebo migračné vzorce, môžu byť za určitých podmienok veľmi účinné. Môžu sa však stať nevýhodou alebo dokonca škodlivým, ak prostredie prechádza rýchlymi zmenami v dôsledku zmeny klímy alebo ľudských činností. Zvieratá sa môžu snažiť, aby sa svoje správanie alebo fyziológia dostatočne rýchlo upravili, čo vedie k poklesu populácie alebo dokonca vyhynutiu.
6. Náklady na prispôsobenie :Niektoré úpravy si vyžadujú značné výdavky na energiu, zdroje alebo dokonca dlhovekosť. Napríklad zvieratá s komplikovanými páreniami môžu potrebovať investovať viac energie do námahy a reprodukcie, čo by mohlo znížiť ich životnosť alebo ovplyvniť ich schopnosť starať sa o svojich potomkov.
7. Parazity a choroby: Niektoré úpravy sa niekedy môžu stať cieľmi parazitov alebo chorôb. Napríklad úpravy druhov koristi, aby sa predišlo určitým predátorom, môžu byť zraniteľní voči iným predátorom, ktorí využívajú ich špecifické obranné stratégie.
Je dôležité poznamenať, že nevýhody adaptácie sú zvyčajne vyvážené výhodami, ktoré ponúkajú v konkrétnych prostrediach. Tieto nevýhody však zdôrazňujú komplexnú súhru medzi adaptáciou, ekologickou rovnováhou a neustále sa meniacou povahou našej planéty.