Pantanal je domovom rôznych druhov vtákov, vrátane:
* Ara hyacintová
* Ara šarlátová
* Volavka veľká
* Bocian Jabiru
* Lyžica ruža
* Ara zelenokrídla
* Toko tukan
* Brazílsky potápač
* Hrebeň kačica
Cicavce
V Pantanale možno nájsť mnoho rôznych cicavcov, ako napríklad:
* Pásovec obrovský
* Vlk hrivnatý
* Chacoan pekari
* Jeleň pampový
*Jaguár
*Ocelot
* Severná tigrovaná mačka
* Jeleň močiarny
* Kapybara
Plazy a obojživelníky
Pantanal obývajú aj rôzne plazy a obojživelníky, vrátane:
* Zelená anakonda
* Kajman čierny
* Kajman Yacare
* Kajman okuliarový
* Brazílska obrovská korytnačka
* Korytnačka červenonohá
* Korytnačka obyčajná
* Zlatá jedovatá žaba
* Rosnička červenooká
Ryby
Pantanal je domovom viac ako 260 druhov rýb, vrátane:
* Piraňa červenobruchá
* Čierna piraňa
*Payara
* Arapaima
* Tambaqui
* Pacu
* Sumec
* Characiny
* Cichlidy