1. neúplné fosílne záznamy :Fosílny záznam je často fragmentárny a neúplný v dôsledku rôznych faktorov, ako je nedostatok fosílných pozostatkov, tafonomické procesy a nerovnomerné zachovanie rôznych organizmov. Táto neúplnosť môže sťažiť získanie komplexného porozumenia morfológie a anatomických znakov vyhynutých druhov, ktoré sú rozhodujúce pre presnú klasifikáciu.
2. :Fosílie predovšetkým zachovávajú tvrdé štruktúry, ako sú kosti, zuby a škrupiny. Mäkké tkanivá, ako sú svaly, orgány a pokožka, zriedka fosizujú a zanechávajú značné medzery v našich vedomostiach o celkovom vzhľade, sfarbení a správaní vyhynutých organizmov. To môže spôsobiť, že je náročné ich presne umiestniť do existujúcich taxonomických skupín.
3. Tafonomická zmena :Taphonomické procesy, ktoré sa týkajú zmien, ktoré sa vyskytujú na organizme po smrti pred jeho fosílizáciou, môžu významne zmeniť morfológiu zvyškov. Faktory, ako je vychytávanie, zvetrávanie, transport a pohreb, môžu skresliť, zlomiť alebo dokonca zničiť dôležité anatomické vlastnosti, čo sťažuje identifikáciu a klasifikáciu organizmu.
4. Morfologická konvergencia a kryptické druhy :Niektoré vyhynuté organizmy sa mohli vyvíjať podobné charakteristiky ako iné druhy v dôsledku konvergentného vývoja alebo prispôsobenia podobným ekologickým výklenkom. Táto konvergencia môže viesť k taxonomickému zmätku a nesprávnej klasifikácii, najmä ak je založená výlučne na fosílnych dôkazoch. Kryptické druhy, ktoré sú odlišnými druhmi, ale vykazujú minimálne morfologické rozdiely, môžu tiež komplikovať klasifikáciu vyhynutých organizmov.
5. Nedostatok genetických údajov :Samotné fosílne dôkazy neposkytujú priamy prístup k genetickým informáciám, čo je nevyhnutné pre moderné taxonomické metódy, ako je analýza DNA. Genetické údaje môžu odhaliť vzťahy medzi organizmami a poskytnúť pohľad na ich evolučnú históriu. Bez genetických informácií môže byť klasifikácia vyhynutých organizmov obmedzená na morfologické porovnania, ktoré nemusia byť vždy presvedčivé.
6. Taxonomická revízia a meniace sa koncepty :Taxonomické klasifikácie sa neustále revidujú na základe nových fosílnych objavov, pokroku vo výskumných metódach a meniacich sa interpretácií vývojových vzťahov. Táto dynamická povaha taxonómie znamená, že klasifikácie vytvorené výlučne na základe fosílnych dôkazov sa môžu zastaviť alebo revidovať, keď sa naše chápanie vyhynutých organizmov zlepšuje.
Napriek týmto výzvam, paleontológovia používajú rôzne techniky a prístupy na klasifikáciu vyhynutých organizmov vrátane porovnávacej anatómie, funkčnej morfológie a fylogenetickej analýzy. Kombináciou fosílnych dôkazov s inými zdrojmi informácií, ako je sedimentológia, paleoekológia a biogeografia, sa vedci snažia rekonštruovať evolučnú históriu a vzťahy vyhynutých organizmov a umiestniť ich do širšieho kontextu stromu života.