Lov a pytliactvo :Jeleň myši sa lovia za svoje mäso, kožušinu a parohy, ktoré sa používajú v tradičnej medicíne. Pytliacu sa pre nelegálny obchod s voľne žijúcimi živočíchmi tiež predstavuje významnú hrozbu. Dopyt po častiach jeleňov myši na čiernom trhu spôsobil, že sa prehĺbil, čo viedlo k poklesu populácie.
Zavedenie inváznych druhov :Zavedenie inváznych druhov, ako sú divoké mačky, psy a mongózy, malo škodlivý vplyv na populácie jeleňov myši. Tieto zaviedli predátory korisť na jeleň myši a súťažia o potraviny a zdroje, čím sa ďalej znižujú ich šance na prežitie.
choroba :Jeleň myši je tiež náchylný na choroby, ako sú choroby chodidiel a úst a tuberkulóza, ktoré sa môžu šíriť kontaktom s infikovanými hospodárskymi zvieratami alebo inými zvieratami. Tieto choroby môžu spôsobiť hromadnú úmrtnosť a ovplyvniť celkové zdravie a odolnosť populácií jeleňov myši.
Zmena podnebia :Očakáva sa, že zmena podnebia zhorší hrozby, ktorým čelí jeleň myši. Zmeny teploty, zrážok a distribúcie vegetácie by mohli ovplyvniť ich biotop, dostupnosť potravín a interakcie s inými druhmi, čím sa zraniteľnejšie znížia.
Na zmiernenie týchto hrozieb a zabránenie vyhynutiu jeleňov myši je potrebné na ochranu ochrany, na ochranu ich zostávajúcich biotopov, zníženie lovu a pytliactva, riadenie inváznych druhov a boj proti šíreniu chorôb. Okrem toho je rozhodujúce riešiť zmenu podnebia a jej potenciálne vplyvy na jeleň myši a ich ekosystémy.