- Krysa alpská obýva špecifický typ biotopu, t. j. vysokohorské a subalpínske lesy. Tieto biotopy rýchlo miznú v dôsledku rôznych faktorov, ako je odlesňovanie a zmena klímy.
Introdukcia nepôvodných predátorov
- Zavedenie nepôvodných predátorov, ako sú divé mačky, psy a lasice, vyvolalo obrovský tlak na obyvateľstvo.
Choroba
- Potkany sú veľmi náchylné na choroby a zavlečenie nových chorôb sa môže rýchlo šíriť populáciou, čo vedie k poklesu populácie.
Poľovníctvo
- Krysa alpská je lovená pre kožušinu a mäso, čím sa ďalej znižuje počet jej populácie.