* protozoa :Protozoa je rozmanitá skupina jednotlivých organizmov, ktoré sa nachádzajú vo všetkých druhoch biotopov vrátane pôdy, vody a dokonca aj vo ľudskom tele. Kŕmia sa inými mikroorganizmami a zohrávajú dôležitú úlohu v potravinovom reťazci. Niektoré bežné príklady mikroskopického protozoa zahŕňajú améby, parameciu a Euglenu.
* baktérie :Baktérie sú jednobunkové mikroorganizmy, ktoré sa nachádzajú takmer v každom prostredí na Zemi. Prichádzajú v širokej škále tvarov a veľkostí a zohrávajú rozhodujúcu úlohu pri rozkladu organických látok, fixácie dusíka a produkcii kyslíka. Niektoré bežné príklady mikroskopických baktérií zahŕňajú E. coli, Bacillus subtilis a Staphylococcus aureus.
* huby :Huby zahŕňajú kvasinky, plesne a mäsité huby. Niektoré mikroskopické huby zahŕňajú Aspergillus, Penicillium a Candida.
* mikroinvertebrates :Mikroinvertebráty sú mikroskopické zvieratá, ktoré zahŕňajú rotiféry, nematódy a tardigrady.
* Plankton :Planktón je rozmanitá skupina mikroskopických organizmov, ktoré žijú vo vode. Niektoré príklady planktónu zahŕňajú diatomy, dinoflageláty a copepody.