Ničenie biotopu: Zlatkovitý kapucín obýva malú geografickú sortiment a jeho biotop je vážne ohrozený odlesňovaním. Napríklad v Brazílii, kde nažije väčšina kapucínov s väčšinou zlatohnedých, sa lesy znížili až o 95%.
Zmena podnebia: Zmena podnebia ovplyvňuje aj kapucínové biotopy so zlatými prvotriednymi, pretože spôsobuje zmeny v vzorcoch teploty a zrážok. Tieto zmeny môžu zvieratá sťažiť nájsť jedlo a prístrešie a mohli by narušiť ich reprodukciu.