1. Odmietnutie imunity: Xenotransplantácia čelí významnej výzve imunitného odmietnutia. Imunitný systém príjemcu môže rozpoznať cudzie tkanivo ako cudzie tkanivo a vyvolať imunitnú odpoveď, ktorá vedie k odmietnutiu a zničeniu transplantovaného orgánu. Táto imunologická bariéra je obzvlášť silná medzi druhmi s významnými genetickými rozdielmi.
2. Prenos zoonotickej choroby: Jedným veľkým nebezpečenstvom je potenciálny prenos infekčných agens z darcovského druhu na príjemcu. Toto riziko je obzvlášť vysoké pri transplantácii orgánov z druhov, ktoré môžu prenášať vírusy alebo iné patogény, ktoré môžu spôsobiť ochorenie u ľudí. Tieto zoonotické ochorenia môžu mať vážne následky a môžu byť ťažko liečiteľné.
3. Imunosupresívne režimy: Na prekonanie imunitného odmietnutia xenotransplantácia vyžaduje, aby príjemca dostal imunosupresívne lieky na potlačenie jeho imunitnej odpovede a zabránenie odmietnutia cudzieho orgánu. Imunosupresia však môže viesť k zvýšenej náchylnosti na infekcie, zhubné nádory a iné zdravotné komplikácie, čím sa príjemca stáva zraniteľnejším voči rôznym chorobám.
4. Dlhodobé prežitie: Zabezpečenie dlhodobého prežitia a funkcie transplantovaného orgánu zostáva významnou výzvou pri xenotransplantácii. Biologická nekompatibilita medzi druhmi môže viesť k problémom s integráciou tkaniva, rastom a vývojom, čo môže viesť k predčasnému zlyhaniu transplantovaného orgánu.
5. Etické obavy: Xenotransplantácia vyvoláva etické obavy týkajúce sa používania zvierat ako zdrojov orgánov. O dobrých životných podmienkach zvierat používaných na darcovstvo orgánov ao dôsledkoch zaobchádzania so zvieratami ako s obyčajnými zdrojmi orgánov sa začali diskutovať skupiny za práva zvierat a etické úvahy.
6. Druhová bariéra a genetická kompatibilita: Dosiahnutie genetickej kompatibility medzi rôznymi druhmi je významnou prekážkou pri xenotransplantácii. Rozdiely v imunitnom systéme, architektúre orgánov a fyziológii môžu predstavovať problémy pri výbere vhodných darcovských orgánov a zabezpečení ich funkčnosti.
Vzhľadom na tieto potenciálne nebezpečenstvá a zložitosti je nevyhnutný rozsiahly výskum na riešenie imunitného odmietnutia, prenosu zoonotických chorôb, dlhodobého prežitia, etických obáv a druhovej kompatibility predtým, ako sa bude môcť zvážiť rozsiahla klinická aplikácia xenotransplantácie.