Soľné bazény fungujú trochu inak ako tradičné bazény chlóru. Obaja sú dezinfikovaní pomocou chlóru, ale chlór v soľnom bazéne sa vytvára, keď sa soľ rozpustí vo vode, namiesto priameho pridávania do bazéna ako v bazéne chlóru.
Tradičné bazény chlóru majú zvyčajne hladinu chlóru 1-3 ppm (časti na milión), zatiaľ čo bazény soli majú zvyčajne hladinu chlóru 1-3 500 ppm. Aj keď hladiny chlóru slanej vody sú vyššie, samotný chlór je v bazénoch slanej vody menej drsný ako v bazénoch chlóru. Systém slanej vody vytvára formu chlóru nazývanej hypochlórna kyselina, ktorá je menej reaktívna a rozptyľuje sa pomalšie ako chlór v tradičných bazénoch chlóru. Tento pomalší rozptyl znamená, že bazén soli nevyžaduje ďalší chlór tak často a rastliny okolo bazénu sú menej vystavené vysokým hladinám chlóru.