Megalodon sa „nevytvoril“ v tom zmysle, že by bol umelo vytvorený. Bol to prirodzene vyvinutý druh žraloka, ktorý sa počas svojej doby vyvíjal a prosperoval. Ako všetky ostatné druhy, aj Megalodonova existencia a vlastnosti boli formované procesmi prirodzeného výberu a prispôsobovania sa prostrediu v priebehu miliónov rokov.
Megalodon sa vyvinul z menších predkov v rámci rodu Otodus. V priebehu času určité druhy v tejto línii zaznamenali výhodné genetické mutácie, ktoré im umožnili zväčšiť veľkosť a vyvinúť silnejšie čeľuste a zuby, čo viedlo k vzniku Megalodona. Dostupnosť hojnej koristi a podmienky prostredia počas miocénu a pliocénu tiež prispeli k úspechu a dominancii Megalodona v jeho ekosystéme.