1. Črevá: Salmonella primárne kolonizuje a rozmnožuje sa v gastrointestinálnom trakte, konkrétne v črevách. Baktérie sa môžu rýchlo množiť v tenkom čreve, čo spôsobuje zápal a súvisiace príznaky, ako je hnačka, bolesť brucha, horúčka a nevoľnosť.
2. Mezenteriálne lymfatické uzliny: V rámci imunitnej odpovede organizmu môže Salmonella napadnúť mezenterické lymfatické uzliny, ktoré sa nachádzajú v blízkosti čriev. V týchto lymfatických uzlinách sa baktérie môžu množiť a spôsobiť zápal.
3. Pečeň a slezina: V závažných prípadoch, najmä pri invazívnej netýfusovej salmonele (iNTS), sa baktérie môžu šíriť krvným obehom a dostať sa do pečene a sleziny. Tu sa Salmonella môže rozmnožovať v tkanivách a Kupfferových bunkách pečene a makrofágoch sleziny.
4. Žlčník: U jedincov so základnými ochoreniami, ako sú žlčové kamene alebo abnormality žlčníka, môže Salmonella kolonizovať žlčník a množiť sa v žlči. To môže viesť k zápalu žlčníka (cholecystitíde).
5. Iné lokality: V zriedkavých prípadoch sa môže vyskytnúť diseminované ochorenie, ktoré umožní salmonele šíriť sa do iných orgánov a tkanív mimo gastrointestinálneho traktu, ako je krvný obeh (bakteriémia), kosti, kĺby, mozgové blany a srdcové chlopne. V rámci týchto infikovaných lokalít potom môže dôjsť k reprodukcii.