* predátory: Žraloky veľryby majú málo predátorov, ale niekedy sú korisťou veľryby vrahov, veľkých bielych žralokov a žralokov Tiger.
* choroba: Žraloky veľryby môžu trpieť rôznymi chorobami, vrátane bakteriálnych infekcií, vírusových infekcií a parazitických zamorení.
* Strata biotopu: Žraloky veľryby sa spoliehajú na zdravé koralové útesy a ďalšie morské biotopy, aby prežili. Tieto biotopy sú však čoraz viac ohrozené ľudskými činnosťami, ako sú znečistenie, rozvoj pobrežia a zmena podnebia.