* copepods: Malé kôrovce, ktoré sú bežným zdrojom potravín pre mnoho morských zvierat.
* amfiPody: Ďalší typ malých kôrovcov.
* larvy: Mladé formy iných morských bezstavovcov.
Používajú svoje dlhé ňufáky na vysávanie týchto malých tvorov z vody. Sú to veľmi vyberaví jedlíci a často sa špecializujú na kŕmenie určitých druhov zooplanktónu, v závislosti od ich biotopu a dostupnosti potravín.
Je potrebné poznamenať, že morské koníky Pygmy sú extrémne malé (často dlhé menej ako centimeter) a žijú v úzkom spojení so špecifickými typmi koralov, čo sťažuje podrobné štúdium svojej stravy.