Konflikt noci Johna sa sústreďuje okolo represívnej sociálnej a rasovej dynamiky v období Jim Crow South, kde Afroameričania čelili vážnej diskriminácii, segregácii a obmedzeniu prístupu k vzdelaniu a príležitostiam. Román zdôrazňuje zápasy zotročených ľudí a dĺžky, ktoré šli získať vedomosti a gramotnosť vo svete, ktorý sa snažil udržať ich ignorant.
Primárny konflikt sa točí okolo hlavnej postavy, John, ktorý tajne učí ostatných zotročených ľudí, aby čítali a písali v noci, a vzdoruje zákonom, ktoré zakázali vzdelávanie pre afrických Američanov. Tento akt odporu proti represívnemu systému ohrozuje Johna a jeho študentov, pretože akýkoľvek objav by mohol mať za následok prísny trest vrátane bitiek alebo dokonca smrti.
Román tiež skúma vnútorné konflikty postáv pri orientácii s ich túžbou po slobode, rovnosti a sebavyjadrení uprostred systémového útlaku. Johna vlastná cesta sa vyznačuje transformáciou z strachu a pochybností na odvahu a odhodlanie, keď sa stáva majákom nádeje pre svojich zotročených ľudí.
Konflikt sa navyše rozširuje na bielu komunitu, zastúpenú postavami, ako je majiteľ plantáže pán Waller, ktorý je odhodlaný udržiavať súčasný stav a presadzovať svoju moc nad zotročenou populáciou. Odolnosť voči vzdelávaniu afrických Američanov sa považuje za prostriedok na udržanie kontroly a zabránenie narušenia existujúceho sociálneho poriadku.
V konečnom dôsledku Night John predstavuje silné zobrazenie boja o občianske práva, zdôrazňujúc ľudskú túžbu po poznaní a odolnosť ľudského ducha voči útlaku.