Fretky čiernonohé lovia vyhľadávaním a vstupovaním do nôr prérijných psov. Používajú svoj bystrý sluch a čuch na zistenie prítomnosti prérijných psov v podzemí. Keď sa fretka dostane do nory, bude hľadať a útočiť na svoju korisť. Sú to výkonní predátori a dokážu zabiť viacero prérijných psov pri jednom love.
Okrem prérijných psov môžu fretky čiernonohé príležitostne konzumovať aj iné drobné cicavce, ako sú sysle, myši a hraboše. Je tiež známe, že jedia vtáky, hmyz a jašterice, hoci tieto položky tvoria malú časť ich stravy.
To, že sa fretka čiernonohá spolieha na prériové psy ako primárny zdroj potravy, z nich robí vysoko špecializovaných predátorov. Stav ich ochrany úzko súvisí s dostupnosťou a množstvom kolónií psov prérijných. Pokles populácie prérijných psov v dôsledku straty biotopu, chorôb a úsilia o kontrolu mal významný vplyv na populáciu fretky čiernonohej a prispel k jej ohrozeniu.