1. Nedostatok jasnej definujúcej charakteristiky:
* Zvieratá: Zvieratá zdieľajú spoločného predka a vykazujú jasné definujúce charakteristiky, ako je mobilita, heterotrofická výživa (konzumácia iných organizmov) a komplexný nervový systém.
* Rastliny: Rastliny sú neuveriteľne rozmanité a nezdieľajú jedinú, všeobecne definujúcu charakteristiku. Vykazujú širokú škálu úprav, vrátane rôznych fotosyntetických mechanizmov, reprodukčných stratégií a foriem rastu.
2. Konvergentný vývoj:
* Zvieratá: Evolúcia zvierat často zahŕňa rozlišovanie do rôznych skupín s jedinečnými úpravami.
* Rastliny: Rastliny často vyvíjajú podobné vlastnosti nezávisle kvôli podobným environmentálnym tlakom. Tento jav, nazývaný konvergentný vývoj, robí náročným rozlišovaním medzi úzko súvisiacimi skupinami na základe vzhľadu iba na vzhľad. Napríklad Cacti a Euphorbs zdieľajú ostnaté vlastnosti a sukulentné stonky, ale nesúvisia.
3. Rozsiahla hybridizácia:
* Zvieratá: Zatiaľ čo hybridizácia sa vyskytuje u zvierat, je menej častá a zvyčajne vedie k odlišným druhom s jedinečnými vlastnosťami.
* Rastliny: Hybridizácia je rozšírená v rastlinách, vytvára kontinuum variácie a rozmazáva čiary medzi druhmi. To sťažuje definovanie hraníc druhov založených iba na morfológii.
4. Dôležitosť molekulárnych údajov:
* Zvieratá: Tradičná morfologická klasifikácia je často dostatočná pre zvieratá kvôli ich jasným charakteristikám a zreteľným vývojovým líniám.
* Rastliny: Molekulárne údaje (analýza DNA) je čoraz dôležitejšia pre pochopenie vzťahov rastlín v dôsledku prevalencie konvergentného vývoja a hybridizácie.
5. Historické faktory:
* Zvieratá: Klasifikácia zvierat má dlhšiu históriu a zavedený rámec z dôvodu ich väčšej viditeľnosti a zjavnejších rozdielov.
* Rastliny: Klasifikácia rastlín čelila viacerým výzvam v dôsledku ich rozmanitosti, kryptickej povahy a historickej spoliehania sa na iba morfologické črty.
Celkovo sú rastliny náročnejšou skupinou klasifikáciu v dôsledku ich zložitej evolučnej histórie, rozsiahlej konvergencie, hybridizácie a potreby molekulárnych údajov na vyriešenie vzťahov. Táto zložitosť zdôrazňuje prebiehajúcu prácu a dôležitosť taxonómie rastlín pri porozumení biodiverzity a vývojových procesov.