Teória evolúcie mala hlboký vplyv na spôsob, akým sú druhy klasifikované. Pred príchodom evolučnej teórie boli druhy klasifikované na základe ich fyzických podobností, s malými ohľadmi na ich evolučné vzťahy. Evolučná teória však zaviedla koncept spoločného zostupu, v ktorom sa uvádza, že všetky živé organizmy pochádzajú od spoločného predka. To viedlo k rozvoju fylogenetickej klasifikácie, ktorá zoskupuje druhy na základe ich evolučných vzťahov, a nie na ich fyzických podobnostiach.