Tradičné potravinové siete často zobrazujú ekosystémy ako lineárne reťazce, pričom jeden organizmus jesť iným postupným spôsobom. V skutočnosti sú však ekologické interakcie oveľa zložitejšie a vzájomne prepojené. Mnoho organizmov konzumuje rôzne zdroje potravín a ich strava sa môže líšiť v závislosti od faktorov, ako je dostupnosť zdrojov a konkurencia. Druhy môžu navyše interagovať ne-prednárodnými spôsobmi, napríklad prostredníctvom vzájomného vzájomnosti alebo primezalizmu. Nadmerným zjednodušením zložitosti ekologických interakcií sa tradičné potravinové siete nedokážu zachytiť celú škálu dynamiky, ktorá sa vyskytuje v ekosystémoch.
Nezohľadňujú nepriame účinky:
Tradičné potravinové webové stránky sa zameriavajú predovšetkým na priame interakcie medzi predátormi a korisťou. Mnohé ekologické účinky sú však nepriame a môžu sa vyskytnúť prostredníctvom viacerých trofických hladín. Napríklad odstránenie najvyššieho predátora môže viesť k zvýšeniu populácie svojej koristi, čo môže zase ovplyvniť množstvo iných druhov, ktoré interagujú s druhmi koristi. Tradičné potravinové siete často prehliadajú tieto nepriame účinky, ktoré môžu mať významné následky pre dynamiku ekosystémov.
Chýbajú im informácie o sile a frekvencii interakcií:
Tradičné potravinové webové stránky zvyčajne ukazujú iba prítomnosť alebo neprítomnosť interakcií medzi druhmi, ale neposkytujú informácie o sile alebo frekvencii týchto interakcií. Tieto informácie sú rozhodujúce pre pochopenie štruktúry a dynamiky ekosystémov. Napríklad silná interakcia medzi predátormi a druhmi koristi môže mať väčší vplyv na ekosystém ako slabá interakcia. Podobne môže frekvencia interakcií ovplyvniť celkový vplyv dravca na jeho korisť. Ignorovaním sily a frekvencie interakcií môžu tradičné potravinové siete príliš zjednodušiť zložitosť ekologických vzťahov.
Sú statické a nezohľadňujú časovú dynamiku:
Tradičné potravinové siete sa často prezentujú ako statické snímky ekosystémov, ale ekologické interakcie sa v priebehu času neustále menia. Populácie druhov kolísajú, nové druhy môžu vstúpiť do ekosystému a existujúce druhy môžu vyhynúť. Tieto zmeny môžu zmeniť štruktúru a dynamiku potravinových sietí a tradičné potravinové siete, ktoré nezohľadňujú časovú dynamiku, nemusia zachytiť plnú zložitosť ekologických systémov.