Pleistocénová epocha bola tiež časom megafauny alebo obrovských zvierat. Najväčším z týchto zvierat bol mastodón, masívny príbuzný moderného slona, ktorý mohol dosiahnuť výšky až 13 stôp a vážiť až 8 ton. Medzi ďalšie megafauna, ktoré v tom čase žili v Kentucky, patrili mamut, obrovský bizón, krátky medveď a Dire Wolf.
S otepľovacou klímou na konci pleistocénovej epochy tieto zvieratá postupne vyhynuli. Posledné mastodóny zmizli zo Severnej Ameriky asi pred 11 000 rokmi, zatiaľ čo posledné Mammoths zomrel asi pred 10 000 rokmi.
Dnes je Kentucky domovom širokej škály rastlín a zvierat, ktoré sú viac prispôsobené súčasnej podnebí štátu. Lesom dominujú stromy dub, javor a hikory, zatiaľ čo trávne porasty sú domovom rôznych trávy, kvetov a kríkov. Tundra zmizla z Kentucky, ale štát je stále domovom rôznych zvierat, ktoré sa nachádzajú v chladnejších podnebí, ako sú zajac na snežniciach, červená líška a jeleň bieleho chvosta.