Genetická diverzita: Klonovanie produkuje geneticky identických jedincov. Nedostatok genetickej diverzity môže spôsobiť, že populácia bude náchylnejšia na choroby, zmeny životného prostredia a iné hrozby.
Behaviorálne a ekologické vplyvy: Klonovaným zvieratám môže chýbať prirodzené správanie, sociálne štruktúry a ekologické interakcie vyvinuté generáciami evolúcie. To môže narušiť dynamiku ekosystému.
Konkurencia a využitie zdrojov: Zavedenie klonovaných jedincov môže zvýšiť konkurenciu o zdroje, ako sú potraviny, biotopy a kamaráti, čo ovplyvňuje iné druhy.
Prenos choroby: Klonované zvieratá môžu niesť choroby alebo genetické defekty, ktoré by sa mohli rozšíriť na voľne žijúce populácie.
Vhodnosť biotopu: Klonované zvieratá nemusia byť dobre prispôsobené špecifickým podmienkam ich prirodzených biotopov, čo vedie k nízkej miere prežitia.
Funkcia ekosystému: Absencia ekologických príspevkov klonovaných zvierat, ako je opeľovanie, šírenie semien alebo predácia, môže zmeniť fungovanie ekosystému.
Nedostatok prirodzeného výberu: Klonovanie obchádza prirodzený výber, čo eliminuje menej prispôsobených jedincov. Výsledkom môže byť populácia, ktorá nie je vhodná pre dané prostredie.
Nepredvídateľné dlhodobé účinky: Dlhodobé ekologické dôsledky klonovania a zavádzania geneticky identických zvierat do ekosystému nie sú úplne pochopené.
Preto, aj keď sa klonovanie ohrozených druhov môže zdať ako sľubný nástroj ochrany, treba k nemu pristupovať opatrne a je potrebný dôkladný výskum na posúdenie jeho potenciálnych rizík a dopadov na ekosystémy.