Všeobecne platí, že ovocné netopiere vykazujú polygyny, v ktorej sa muži spájajú s viacerými ženami. Samice rodia jediné šteniatko po období tehotenstva, ktoré zvyčajne trvá niekoľko mesiacov. Šteniatka sa rodia so zavretými očami a sú závislé od svojej matky kvôli jedlu a starostlivosti. V priebehu niekoľkých mesiacov sa naučia lietať a krmivať sami a dosahujú sexuálnu zrelosť vo veku približne jeden rok.
Niektoré druhy ovocných netopierov, ako napríklad ovocná netopiere slamy (Eidolon Helvum), vykazujú synchronizované šľachtenie, v ktorom veľké množstvo jednotlivcov rodí súčasne. Predpokladá sa, že ide o adaptáciu na zníženie rizika predácie tehotných žien a mladých mláďat.