Zachovanie genetickej diverzity: Šľachtiteľské programy môžu pomôcť zachovať genetickú diverzitu v rámci druhu alebo plemena udržiavaním širokého génového bazénu. Toto je obzvlášť dôležité pre ohrozené alebo zriedkavé plemená, ktoré sú vystavené riziku straty svojej genetickej rozlišovacej spôsobilosti.
Zvýšená uniformita: Selektívnym chovom jednotlivcov s podobnými znakmi môžu šľachtiteľské programy zvýšiť uniformitu populácie, čím sa zvládajú predvídateľnejšie a ľahšie zvládnuteľné. To môže byť výhodné pre konzistenciu komerčnej výroby a šľachtenia.
Kontrola chorôb: Šľachtiteľské programy môžu pomôcť pri kontrole šírenia chorôb výberom pre jednotlivcov, ktorí sú rezistentní alebo imunní voči určitým chorobám. To môže znížiť potrebu chemických ošetrení a zlepšiť celkové zdravie populácie.
Prispôsobenie sa meniacim sa podmienkam: Šľachtiteľské programy môžu pomôcť prispôsobiť druh alebo plemeno meniacim sa environmentálnym podmienkam, ako sú zmena podnebia, zmenené zdroje krmiva alebo nové požiadavky na trh. Výberom jednotlivcov, ktorí sú vhodnejšie pre meniace sa podmienky, môžu chovatelia zabezpečiť dlhodobú životaschopnosť ich populácie.
komerčný úspech: Šľachtiteľské programy môžu prispieť k komerčnému úspechu chovnej operácie tým, že vyrábajú zvieratá, ktoré spĺňajú požiadavky na trhu a velia vyššie ceny. To môže byť obzvlášť dôležité pre špecializované plemená alebo výrobky.
Zachovanie kultúrneho dedičstva: Šľachtiteľské programy môžu pomôcť zachovať kultúrne dedičstvo spojené s tradičnými plemenami alebo odrodami rastlín a zvierat. To môže mať ekonomické aj kultúrne výhody tým, že propagácia cestovného ruchu, vyvolanie záujmu o tradičné postupy a spájaním ľudí so svojím dedičstvom.