Avšak v oblastiach, kde sú zdroje nedostatočné alebo sa ich územia prekrývajú, môžu medzi týmito dvoma druhmi vzniknúť konflikty. Konkurencia o potraviny, biotopy a poľovné areály môže viesť k konfrontáciám a bojom.
Keď vlci narazia na kojoty, môžu ich aktívne prenasledovať a zaútočiť na vytvorenie dominancie alebo ochranu ich územia. Vlci niekedy môžu zabiť kojoty, aby sa znížila konkurencia. Takéto interakcie sú pravdepodobnejšie, keď je korisť obmedzená alebo počas obdobia rozmnožovania, keď oba druhy bránia svoje územia.
Na druhej strane sú kojoty známe svojou prispôsobivosťou a vynaliezavosťou. V niektorých prípadoch sa môžu kojoti vyhnúť priamym konfliktom s vlkmi a uchýliť sa k vychytávaniu zvyškov koristi Wolf. Mohli by tiež upraviť svoje lovecké správanie a vyhnúť sa oblastiam, v ktorých je prítomnosť vlkov vysoká.
Celkovo sú interakcie medzi vlkmi a kojotmi dynamické a môžu sa pohybovať od konkurencie a konfliktov po koexistenciu a príležitostnú spoluprácu v zriedkavých prípadoch.