Najvýznamnejším faktorom, ktorý prispieva k ohrozeniu mexického vlka, je strata biotopu. Je to do značnej miery spôsobené premenou prírodných biotopov na poľnohospodárske a mestské oblasti. Výsledkom je, že mexickí vlci stratili prístup k svojej prírodnej koristi a vhodnými miestami na denning.
2. Poľovníctvo a zachytenie
Historicky boli mexickí vlci lovení a uväznení za kožušinu a ako prostriedok kontroly predátora. Toto nevyvážené zabíjanie vlkov ďalej znížilo ich populácie.
3. hybridizácia
Mexickí vlci úzko súvisia s kojotmi a bolo zdokumentované interbreing medzi týmito dvoma druhmi. Hybridizácia môže viesť k riedeniu genetickej integrity mexického vlka a strate jedinečných úprav, ktoré sú nevyhnutné pre prežitie v ich prírodnom prostredí.