1. Strata biotopu: Duchové netopiere obývajú predovšetkým jaskyne a skalné trhliny v suchých skalnatých oblastiach. Ťažobné činnosti, odlesňovanie poľnohospodárskych alebo rozvojových projektov a narušenie jaskýň ľudskou rekreáciou môžu viesť k degradácii a zníženiu biotopov, čo predstavuje významnú hrozbu pre prežitie duchovných netopierov.
2. Lov a prenasledovanie: Duchové netopiere boli historicky lovené na jedlo, dekoratívne účely (kvôli ich výrazným membránám krídla) a ako vnímané hrozby pre hospodárske zvieratá. Pretrvávajúci lovecký tlak, najmä nelegálny lov, predstavuje vážne nebezpečenstvo pre stabilitu ich obyvateľstva.
3. Obmedzený rozsah a populácia: Duchové netopiere majú obmedzenú geografickú distribúciu, ktorá sa vyskytuje predovšetkým v severnej Austrálii. Tento malý geografický rozsah znamená, že sú zraniteľnejšie voči zmenám v oblasti životného prostredia a lokalizovanými hrozbami v porovnaní s druhmi so širším distribúciou. Ich veľkosť populácie je relatívne malá v porovnaní s inými druhmi netopierov, vďaka čomu sú ešte náchylnejšie na pokles.
4. Zmena podnebia: Duchové netopiere sú citlivé na kolísanie teploty a zmeny úrovne vlhkosti. Zmena podnebia s potenciálom na zmenu týchto faktorov môže ovplyvniť dostupnosť vhodných miest na preteky a ovplyvniť populácie hmyzu, na ktoré sa spoliehajú na jedlo. Zmenené klimatické podmienky môžu tiež viesť k zvýšenej konkurencii s inými druhmi netopierov, ktoré sa lepšie prispôsobujú.
5. Znížená rýchlosť reprodukcie: Duchové netopiere zvyčajne porodia jediné šteniatko každé dva roky, čo vedie k pomalej reprodukčnej rýchlosti. Vďaka tejto reprodukčnej charakteristike je ich proces obnovy populácie pomalší a ďalej zhoršuje ich zraniteľnosť voči poklesu.
Tieto viacnásobné faktory, ktoré konajú spoločne, prispievajú k takmer ohrozenému stavu duchovnej netopiera a zdôrazňujú potrebu ochrany úsilia o ochranu ich biotopov, reguláciu poľovníctva, riešenie vplyvov na zmenu klímy a zvýšenie povedomia o ich ekologickom význame.