Ďalšou teóriou je, že mastodóny vymreli kvôli zmene klímy. Podnebie v Severnej Amerike sa počas pleistocénovej epochy niekoľkokrát zmenila a mastodóny sa možno nedokázali prispôsobiť meniacim sa podmienkam. Podnebie sa stali teplejšími a suchšími a lesy, v ktorých žili mastodóny, začali miznúť. To mohlo sťažiť mastodóny nájsť jedlo a prístrešie.
Je tiež možné, že kombinácia faktorov, ako je lov ľudí a zmena podnebia, viedla k vyhynutiu mastodónov. Mastodóny boli veľké, pomaly sa pohybujúce zvieratá a mohli byť pre ľudí ľahké. Meniace sa podnebie mohlo pre mastodóny ešte sťažiť prežitie. Bez ohľadu na príčinu, mastodóny vyhynuli asi pred 10 000 rokmi.