- Strata biotopu a fragmentácia:Hlavnou príčinou poklesu populácií vlnených opíc žltého chvosta je zničenie ich prirodzeného prostredia. Tropické dažďové pralesy, v ktorých žijú, sa vyčistia na ťažbu dreva, poľnohospodárstvo, rančovanie hovädzieho dobytka a ťažbu. Toto odlesňovanie narušuje jedlo a prístrešie opice a robí ich zraniteľnými voči poľovníctvu.
- Lov a pytliactvo:Zlato chvosty vlnené opice sa lovia za svoje mäso, kožušinu a ako domáce zvieratá. Niekedy sú tiež zabití ako škodcovia, pretože môžu prepadnúť plodiny.
- Zmena podnebia:Zmena podnebia spôsobuje, že biotop vlnenej opice so žltým chvostom sa rýchlo mení. Zvýšené teploty a meniace sa vzorce zrážok ovplyvňujú dostupnosť jedla a prístrešia pre opice.