1. Strata energie: Keď energia prechádza potravinovým reťazcom, časť sa stráca vo forme tepla. To znamená, že pre organizmy na vyšších trofických úrovniach je k dispozícii menej energie. Výsledkom je, že na každej následnej trofickej úrovni je menej organizmov a potravinový reťazec sa skracuje.
2. Súťaž: Organizmy na každej trofickej úrovni medzi sebou súťažia o zdroje, ako je jedlo a priestor. Táto súťaž môže obmedziť počet organizmov, ktoré môžu prežiť na každej trofickej úrovni, a môže tiež viesť k vyhynutiu niektorých druhov.
3. Predácia: Organizmy na vyšších trofických úrovniach sú často korisťou organizmov na nižších trofických úrovniach. To môže obmedziť počet organizmov, ktoré môžu dosiahnuť vyššie trofické úrovne, a môže tiež viesť k vyhynutiu niektorých druhov.
4. Faktory životného prostredia: Environmentálne faktory, ako je zmena klímy, znečistenie a ničenie biotopov, môžu ovplyvniť dĺžku potravinových reťazcov. Tieto faktory môžu narušiť tok energie a živín cez potravinové reťazce a môžu viesť k vyhynutiu niektorých druhov.
V dôsledku týchto faktorov sú potravinové reťazce zvyčajne krátke a majú len niekoľko trofických úrovní. To znamená, že na vrchole potravinového reťazca je relatívne málo organizmov a že tieto organizmy sú často náchylné na vyhynutie.