Zatiaľ čo hnedé oči sú najbežnejšou farbou očí pre nemeckých pastierov, môžu mať tiež:
* Amber Eyes: Teplá, červenkastohnedá farba.
* modré oči: Menej bežné, ale možné.
* heterochromia: Mať dve rôzne farebné oči. Je to zriedkavé, ale môže sa vyskytnúť u nemeckých ovčiakov.
Farba očí nemeckého pastiera je určená množstvom melanínu prítomného v dúhovke. Čím viac melanínu, tým tmavšie oči.