Zaručuje selektívne šľachtenie všetok potomstvo bude vynikajúca kvalita?

Selektívne šľachtenie nezaručuje, že všetky potomstvo bude vynikajúca kvalita. Zatiaľ čo selektívne šľachtenie môže zvýšiť pravdepodobnosť získania potomstva s požadovanými vlastnosťami, nevylučuje vplyv genetických variácií a ďalšie faktory, ktoré môžu ovplyvniť fenotyp jednotlivca. Niektorí potomkovia môžu zdediť menej žiaduce vlastnosti alebo môžu byť ovplyvnené environmentálnymi faktormi, ktoré obmedzujú ich vyjadrenie požadovaných charakteristík. Okrem toho je selektívne šľachtenie obmedzené genetickou diverzitou dostupnou v rámci chovanej populácie.