1. Znížená genetická diverzita: Selektívne šľachtenie môže viesť k zníženiu genetickej diverzity v rámci populácie. Obmedzenie párenia výberom iba určitých jedincov môže znížiť variabilitu génov v populácii, čo môže spôsobiť, že bude náchylnejšia na choroby, zmeny prostredia alebo iné výzvy.
2. Inbreeding a zdravotné problémy: Blízki príbuzní jedinci môžu mať zvýšené riziko vzniku genetických porúch a zdravotných problémov v dôsledku príbuzenského kríženia. Príbuzenská plemenitba môže vyplynúť zo selektívneho šľachtenia, kde sa jedinci s požadovanými vlastnosťami opakovane navzájom pária.
3. Strata iných vlastností: Zameranie sa na výber špecifických vlastností môže viesť k strate iných cenných charakteristík v populácii. Napríklad pri selektívnom šľachtení pre zvýšenú produkciu mlieka u kráv môžu byť prehliadnuté a potenciálne oslabené iné vlastnosti, ako je odolnosť voči chorobám alebo kvalita mäsa.
4. Etické obavy: Selektívny chov vyvoláva etické obavy, najmä v prípadoch, keď ide o zvieratá. Kritici tvrdia, že môže zahŕňať praktiky, ako je utratenie, umelé oplodnenie a genetické modifikácie, ktoré by mohli ohroziť dobré životné podmienky zvierat a ich pohodu.
5. Obmedzená úprava: Selektívne šľachtenie môže viesť k zvieratám alebo rastlinám, ktoré sú vhodné pre špecifické prostredia alebo účely, ale môže im chýbať adaptabilita na to, aby sa darilo v meniacich sa podmienkach alebo rôznych prostrediach.
6. Strata tradičných vedomostí a biodiverzity: V prípade tradičného poľnohospodárstva alebo domorodých postupov môžu selektívne šľachtiteľské snahy veľkých priemyselných odvetví podkopať miestne znalosti, rozmanité odrody plodín a ochranu tradičných plemien a ekosystémov.
7. Ekonomické náklady: Selektívne šľachtenie často zahŕňa značné investície, ako je infraštruktúra, technológia, kvalifikovaní odborníci a šľachtiteľské programy, ktoré môžu byť drahé a náročné na zdroje.
Je dôležité poznamenať, že špecifické náklady a nevýhody selektívneho šľachtenia sa môžu líšiť v závislosti od šľachtených organizmov, rozsahu šľachtiteľského úsilia a úrovne etických úvah a použitých vedeckých poznatkov.