- Zmena podnebia :Podnebie počas miocénových a pliocénových epoch, keď sa megaladóny darí, bolo oveľa teplejšie ako dnes. Keď sa klíma ochladila počas epochov pliocénu a pleistocénu, oceány boli chladnejšie a preferovaná korisť Megalodon, ako sú veľryby a tulene, sa presunuli do teplejších vôd. Možno to spôsobilo, že Megalodon stratil zdroj potravy a nakoniec vyhynul.
- súťaž :Megalodón bol najväčší žralok, ktorý kedy žil, ale nebol to jediný obrovský žralok v oceáne počas epochov Miocénu a pliocénu. Ďalšie veľké žraloky, ako napríklad Veľký biely žralok a žralok tigrov, možno súťažili s Megalodonom o potraviny a zdroje a mohli prispieť k jeho vyhynutiu.
- Human Lov :Niektorí vedci sa domnievajú, že ľudia mohli prispieť k vyhynutiu megalodónu. Ľudia začali loviť veľryby a ďalšie veľké morské cicavce počas pleistocénovej epochy, čo mohlo znížiť zásobovanie potravinami Megalodonu. Ľudia navyše mohli priamo loviť megaladóny za jedlo alebo preto, že boli považovaní za hrozbu.
- Kombinácia faktorov :Je pravdepodobné, že kombinácia faktorov, ako je zmena podnebia, konkurencia a lov ľudského hľadiska, prispela k vyhynutiu megalodónu.
Megaladóny vyhynuli pred 2,6 miliónmi rokov.