1. Odpad z trávenia: Po tom, čo korytnačky prehltnú a strávia potravu, nestrávený materiál sa hromadí v ich črevách.
2. Tvorba výkalov: Črevá absorbujú vodu a živiny z potravy a zostávajúci odpad tuhne na výkaly.
3. Uloženie v konečníku: Vytvorené výkaly sú dočasne uložené v konečníku, čo je konečná časť hrubého čreva.
4. Vylučovanie: Keď sa konečník naplní alebo v pravidelných intervaloch, korytnačka vytlačí výkaly cez kloaku.
5. Vylučovanie močom: Korytnačky vylučujú okrem výkalov aj dusíkaté odpadové produkty, predovšetkým vo forme kyseliny močovej, cez kloaku. Obličky filtrujú odpad z krvného obehu a močovody transportujú moč do kloaky na elimináciu.
6. Uloženie močového mechúra (niektoré korytnačky): Niektoré druhy korytnačiek majú močový mechúr, ktorý uchováva moč predtým, ako je vypudený cez kloaku.
Stojí za zmienku, že frekvencia vylučovania sa môže medzi druhmi korytnačiek líšiť a môže byť ovplyvnená faktormi, ako je strava, podmienky prostredia a zdravie jednotlivca.