Lov a odchyt: Pygmejské ošípané sú lovené pre mäso a kožu. Sú tiež odchytené pre obchod s domácimi zvieratami, pretože sú považované za exotické zvieratá. Lov a odchyt ďalej prispievajú k poklesu ich populácie.
Súťaž s domácimi zvieratami: V oblastiach, kde Pygmejské ošípané žijú v tesnej blízkosti ľudí a ich dobytka, čelia konkurencii o potravu a zdroje. Domáce zvieratá môžu byť tiež nositeľmi chorôb, ktoré môžu byť pre Pygmy ošípané smrteľné.
Inbreeding a genetická diverzita: Vzhľadom na malú veľkosť populácie a fragmentáciu sú trpasličí ošípané ohrozené príbuzenským krížením. Príbuzenské kríženie môže viesť k zdravotným problémom a zníženiu genetickej diverzity, vďaka čomu je populácia náchylnejšia na choroby a zmeny životného prostredia.
Úsilie o ochranu: Ochranárske organizácie a vládne agentúry pracujú na ochrane trpaslíka a jeho biotopu. To zahŕňa zriaďovanie chránených oblastí, vykonávanie opatrení proti pytliactvu a zvyšovanie povedomia o dôležitosti ochrany tohto jedinečného druhu.