- Zmena podnebia:Cisárske tučniaky závisia od stabilného morského ľadu na chov a chov ich mladých. Znížené podmienky morského ľadu môžu niektorým populáciám sťažiť úspešné dokončenie svojich reprodukčných cyklov.
- Nadmerné rybolov:vyčerpanie zásob rýb, ktoré slúžia ako primárny zdroj potravín pre tučniaky cisárov, môže ovplyvniť ich prežitie a reprodukčný úspech.
- Strata biotopu:Znečistenie, rozvoj pobrežia a ľudské činnosti v antarktických oblastiach môžu degradovať alebo znížiť dostupnosť vhodných šľachtiteľských biotopov pre tučniaky cisárov.
- Choroba a predácia:Zavedené choroby a zvyšujúce sa populácie predátorov (ako sú SKUA a obrovské ropy) môžu predstavovať ďalšie hrozby pre populácie tučniakov cisárov.
Úsilie o ochranu, vrátane medzinárodných dohôd o ochrane antarktických ekosystémov, monitorovania populácií a riešenia vplyvu ľudských aktivít, sú nevyhnutné na zabezpečenie dlhodobého prežitia cisárskych penguínov a ich biotopu.