1. Strata biotopov:Hlavnou príčinou ohrozenia afrického krokodíla štíhleho je strata biotopu. Ich prirodzené biotopy, vrátane sladkovodných močiarov, riek, jazier a mokradí, sú rýchlo zasahované do ľudských aktivít, ako je urbanizácia, poľnohospodárstvo a rozvoj infraštruktúry. Tieto činnosti ničia alebo fragmentujú ich biotopy, čím zmenšujú dostupný životný priestor krokodíla a zdroje na prežitie.
2. Lov a pytliactvo:Africké krokodíly so štíhlymi ňufákmi sú cieľom pre ich mäso, kožu a iné časti tela. Nelegálne sa lovia pre mäso, ktoré je v niektorých regiónoch považované za pochúťku. Okrem toho dopyt po ich koži v kožiarskom priemysle predstavuje významnú hrozbu. Nelegálny obchod s časťami ich tiel ešte viac zhoršuje úbytok ich populácie.
3. Konflikt medzi človekom a divou zverou:Ako sa ľudské populácie rozširujú a zasahujú do biotopov krokodílov, vznikajú konflikty medzi ľuďmi a krokodílmi. Krokodíly sú niekedy považované za hrozbu pre ľudskú bezpečnosť, čo vedie k ich prenasledovaniu a zabíjaniu. Tento konflikt ďalej prispieva k poklesu ich populácie.
4. Znečistenie životného prostredia:Znečistenie vodných plôch priemyselnými odpadovými vodami, poľnohospodárskymi odpadovými vodami a odpadovými vodami zhoršuje kvalitu biotopov pre afrického krokodíla štíhleho. Toto znečistenie môže kontaminovať ich zdroje potravy a nepriaznivo ovplyvniť ich reprodukčný úspech.
5. Obmedzený rozsah:Africké krokodíly štíhle sú relatívne obmedzené v porovnaní s inými druhmi krokodílov. Vyskytujú sa predovšetkým v fragmentovaných biotopoch v častiach západnej Afriky vrátane krajín ako Libéria, Sierra Leone a Pobrežie Slonoviny. Tento obmedzený rozsah znamená, že sú náchylnejšie na vplyvy straty biotopov a iných hrozieb uvedených vyššie.
6. Pomalá rýchlosť rozmnožovania:Krokodíly majú vo všeobecnosti relatívne pomalú rýchlosť rozmnožovania. Africký krokodíl štíhly dosahuje pohlavnú dospelosť okolo 10-12 rokov a samice kladú malý počet vajíčok (zvyčajne 10-20) len raz ročne. Táto pomalá reprodukčná rýchlosť ich robí obzvlášť zraniteľnými voči poklesu populácie spôsobenému lovom, stratou biotopov a inými faktormi.
Vyvíjajú sa snahy o ochranu, ako je ochrana biotopov, presadzovanie práva v boji proti nezákonnému lovu, vzdelávacie a osvetové programy a chov krokodílov s cieľom pomôcť zachovať afrického krokodíla štíhleho a jeho prirodzené prostredie. Riešenie týchto hrozieb a zabezpečenie ich dlhodobého prežitia si však vyžaduje spoločné úsilie ochrancov prírody, vlád a komunít pri účinnej ochrane a správe ich biotopov.