Tučniaky cisárske si stavajú svoje hniezda vo forme „huddles“, čo sú tesne zbalené skupiny jedincov, ktorí sa k sebe chúlia kvôli teplu a ochrane pred extrémnym antarktickým počasím. Tieto zhluky môžu mať rôznu veľkosť od niekoľkých desiatok až po niekoľko tisíc tučniakov.
V zhlukoch si tučniaky cisárske vytvárajú jednotlivé hniezda pomocou snehu a ľadu. Vyškrabú plytkú priehlbinu v snehu a vystlajú ju perím, čím vytvoria hrubé, ale účinné hniezdo na uchytenie vajec. Hniezda majú zvyčajne priemer 10 až 12 palcov a hĺbku len niekoľko palcov.
Je dôležité poznamenať, že tučniaky cisárske sú jediným druhom tučniakov, ktorý kladie vajíčka počas zimy. Väčšina ostatných druhov tučniakov sa rozmnožuje počas teplejších letných mesiacov.