2. Pytliactvo a lov: Bonobovia sú lovení pre mäso a niekedy aj pre nelegálny obchod so zvieratami. Obchod s mäsom z bushmeat predstavuje vážnu hrozbu, pretože bonobovia sú zabíjaní pre ich mäso a predávané na miestnych trhoch.
3. Prenos chorôb z ľudí: Blízkosť ľudskej populácie môže tiež ovplyvniť bonobov v dôsledku prenosu chorôb. Infekčné choroby, ako sú infekcie dýchacích ciest a vírus Ebola, môžu byť smrteľné pre ľudoopov vrátane bonobov.
4. Obmedzený rozsah: Bonobovia majú v porovnaní s inými druhmi ľudoopov relatívne malý prirodzený areál, ktorý sa obmedzuje predovšetkým na povodie Konga v Konžskej demokratickej republike. Tento obmedzený rozsah ich robí zraniteľnejšími voči vplyvu straty biotopu, pytliactva a ľudského vyrušovania.
5. Pomalá rýchlosť reprodukcie: Bonobovia, podobne ako iné ľudoopy, majú dlhú životnosť, ale pomalú reprodukčnú rýchlosť. To znamená, že ich populácie sa pomaly zotavujú z dopadov lovu, chorôb alebo straty biotopov, čím sa zvyšuje riziko ohrozenia.
6. Nedostatok povedomia: Až donedávna sa bonobom venovalo menej pozornosti a zdrojov ochrany ako iným druhom ľudoopov. Táto nedostatočná informovanosť a stanovenie priorít prispeli k ich zraniteľnému postaveniu.
Prostredníctvom ochranárskych organizácií, chránených oblastí, opatrení proti pytliactvu a zvyšovania povedomia sa vynakladá úsilie na ochranu zostávajúcich populácií bonobo a zachovanie ich biotopu. Pretrvávajúce hrozby a politická nestabilita v Konžskej demokratickej republike však robia z ochrany bonobov náročné úsilie.